Первыми бактериями, проникающими в дентин, являются кислото-продуцирующие микроорганизмы. Деминерализация предшествует проникновению бактерий, так как кислота проникает раньше самих бактерий. Значения pH дентина при кариозном поражении могут быть низкими, а среди бактериальных культур будут преобладать кислотопродуцирующие штаммы. Если сравнивать с микробной флорой наддесневого зубного нале­та, находящегося на поверхности эмали, то в инфицированном дентине численность грамположительных бактерий преобладает. Больше всего- лактобактерий, меньше — содержание Streptococcus mutans. Причинами изме­нения качественного и количественного состава микробной флоры считают доступность протеиновых субстратов и снижение pH.

В зоне деминерализованного дентина — наиболее разнообразная мик­рофлора, даже присутствуют микроорганизмы, способные разрушать кол­лаген. Деструкции коллагена предшествует деминерализация минеральных фракций дентина.

Изменения микрофлоры кариозной полости представляют большой интерес для научных исследований. Что управляет кариозным процессом на развившихся поражениях дентина: бактерии микробного налета или бакте­рии, проникшие в дентин? Ответ на этот вопрос очень важен при обсужде­нии методов оперативного лечения кариеса дентина. Должен ли быть удален дентин для остановки кариозного процесса?

Возможно, процесс можно остановить устранением микроорганизмов из полости рта. Тубулярный склероз и третичный дентин препятствуют по­ступлению питательных веществ для бактерий, так как они непроницаемы для экссудата, поступающего из пульпы. Также доказано, что изоляция зуба от внешней среды полости рта приводит к изменению микрофлоры с пре­обладанием в ее составе некариесогенных микроорганизмов.